MATLAB a Open Science

Open Science ≠ open-source software

Smyslem Open Science je, aby výzkumné postupy, data a kód byly transparentní, přístupné a znovupoužitelné – aby jiní vědci mohli výsledky ověřit či zopakovat. MATLAB v tomto směru nabízí plnohodnotné prostředí pro otevřenou vědu. MATLAB Live Script umožňuje vytvářet interaktivní dokumenty kombinující text, kód a výsledky, a zajistit tak transparentnost použitých postupů. Live Script je nově možné ukládat jako „plain text Live Code file format“, díky čemuž je snadno verzovatelný, například v Gitu, a čitelný i v jiných prostředích než v MATLABu. Live Script lze mimo jiné exportovat do Jupyter Notebooku a přímo spouštět v Jupyteru či Visual Studio Code. MATLAB stále rozšiřuje možnosti spolupráce s jinými nástroji, které jsou ve světě otevřené vědy běžně používané, za zmínku zde jistě stojí Python a PyTorch.

Pro zpřístupnění Live Scriptu široké komunitě jej můžete sdílet přes GitHub nebo MATLAB File Exchange. GitHub a File Exchange lze snadno propojit, takže stačí spravovat Váš kód na jednom místě, ale přístupný je z obou platforem. GitHub lze také propojit se Zenodo či Figshare pro dosažení archivace a vytvoření DOI. Po nasdílení vašeho výzkumu na GitHub k němu vygenerujte tlačítko „Open in MATLAB Online“. Kdokoliv pak snadno může jedním klikem Váš kód otevřít a spustit v MATLAB Online. Samotné zpřístupnění ještě nezajistí reprodukovatelnost. Pro reprodukovatelnost Vašeho výzkumu je možné vytvořit docker kontejner, který bude obsahovat vše potřebné pro jeho opakovatelné spuštění, či využít některý z portálů pro reprodukovatelnost, např. Code Ocean, který kontejner vygeneruje za Vás, zajistí jeho archivaci a vygeneruje DOI.

Více novinek MATLABu pro Open Science

Mám zájem vyzkoušet si MATLAB